等到阁臣们走后，朱载坖再度将陆绎的奏疏拿出来看了看之后才提起笔批准了陆绎的致仕，加陆绎中军都督府左都督、左柱国、特进光禄大夫、少保兼太子太保，致仕，同时调原辽东总兵官严绍庭威锦衣亲军都指挥使、中军都督府右都督，升成国公朱应桢为锦衣亲军都指挥同知、掌北镇抚司兼缉捕事。

太子和皇太孙奉朱载坖之命校阅各军，同时予以赏赐，而原总督京营和协理京营业相应予以撤销，六军直接受皇帝指挥，朱载坖任命英国公张元功、魏国公徐邦瑞、潞国公马栋、原中军都督府右都督戚金等有实战经验的大将提督各军，原协理京营戎政徐渭升领班军机大臣，和俞咨皋对掌机务，直接对朱载坖负责。

而朱载坖命令各军、师、团都要组建相应的参谋、军法、后勤等机关，为总兵、指挥使、都指挥使等大将们提供决策依据，同时以参谋体制代替大将专征，加强朝廷对于军队的控制，除了京军之外，另外一个比较重要的军事力量就是班操京军，这些从各都司番上来的士卒们，朱载坖也要求各都司将所辖的脱产士卒按照朝廷所颁布的新编制予以编成，朝廷在调遣官军的时候，不再是以人数，而是以军师团营等战术单位的数量作为调遣的依据。

朱载坖正在处理政务的时候，总觉得有些心神不宁的，朱载坖叫来司礼监张宏，问道：“今日可有什么要紧的奏疏吗？”

张宏仔细检查了文书房的奏疏，并没有紧急军情等事项，朱载坖知道了后，命令他去通政司、军机处问问，有没有什么重要奏疏，朱载坖总觉得有些不对劲。