也要发挥军政机关的职能，以保证朝廷对于官军的控制，朱载坖不是要像两宋那样搞守内虚外，官军必须要维持战斗力，所以朱载坖一方面是重将权，另一方面是通过制度的形式来防止藩镇的可能，朱载坖将募兵的职能由地方上收到朝廷中来。

首先就是募兵数额的确定，这是军机处的职能，军机处下设的参谋军务总署负责按照实际情况规划官军驻守各地的员额总署，而清军督练总署负责核实军籍，确定每年要裁汰退役的士卒人数，确定每年需要征募的士卒总数，确定好需要补充的士卒总数之后，上奏军机处，经军机大臣们讨论之后取自上裁，御批同意之后，将所需要整补的士卒总数交给兵部，兵部确定在各省直和各都司、行都司、留守司征募的士卒数量，与都察院一道派出募兵主事和御史，按照朝廷所制定的募兵则例招募士卒。

招募来的士卒由清军督练总署在各地接受复查无误之后，展开训练，为了训练新兵，朝廷在蓟镇、陕西镇、应天府、广州府、成都府设立练兵司和练兵都指挥使，水师则是在天津和广州设立督练处，负责培训水兵，在经过训练考核之后，由清军督练总署分发官军各部。

通过这种方式，朝廷不必行更戍而有更戍之实，能够最大程度的保证官军既有战斗力，同时不会出现将校专兵的情况，而同时则是要制定军纪，严肃军纪，朱载坖命令军机处以戚继光当年在蓟镇练兵时的军纪军规为纲要，编定大明水陆二师军纪军规，通行官军各部，对于违犯军纪的，照章惩处，使得官军战斗力得以强化。